Výsledky vyhledávání "shipping-and-payment"

Combi PPP Master Mix obsahuje Taq DNA polymerázu a další komponenty nezbytné pro úspěšný průběh PCR reakce ve dvojnásobné koncentraci. Stačí tedy pouze doplnit primery, templátovou DNA a vodu a vzorek je připraven k PCR. Další obsažená aditiva a barvivo umožňují posléze okamžité nanesení vzorku na gel bez nutnosti přidávat vkládací pufr.

Jedná se o speciálně upravenou ultračistou vodu prostou DNáz a RNáz. Běžně se RNázy z H2O odstraňují působením diethylpyrokarbonátu (DEPC), který se poté rozloží autoklávováním. Rozkladové produkty DEPC však mohou negativně působit na průběh RT-PCR a dokonce PCR. V přípravku PCR Ultra H2O byly RNázy odstraněny dvojí afinitní chromatografií na speciálním nosiči. Z tohoto důvodu neobsahuje PCR Ultra H2O žádné rozkladové produkty DEPC a je univerzálně použitelná pro veškeré práce s RNA a pro RT-PCR a PCR.

Důležitou součástí PCR technik je elektroforetická separace DNA fragmentů v agarózovém gelu. Ne každá agaróza je pro přípravu gelů a elektroforetickou separaci vhodná. PCR agaróza představuje agarózu s optimálními vlastnostmi pro separaci DNA. Tato agaróza nevykazuje žádnou RNázovou nebo DNázovou aktivitu a je vhodná pro elektroforetickou separaci a přenos (blotování) DNA a RNA. Nízká hodnota elektroendoosmózy (EEO) přispívá ke zvýšené  elektroforetické pohyblivosti RNA a DNA v gelu.

Aptamer Hot Start Master Mix je optimalizovaná směs pro přímé použití v PCR. Směs obsahuje Taq DNA polymerázu, DNA aptamer anti-Taq, dNTPs, MgCl2, barvivo, stabilizátory a aditiva. Aditiva a barvivo umožňují přímé nanesení vzorku na gel bez nutnosti přidávat vkládací pufr. Při srovnání s hot start master mixy obsahující anti-Taq monoklonální protilátku, master mixy s anti-Taq aptamerem mají výhodu spočívající v: (1) zvýšené rezistenci k vyšším teplotám, (2) reverzibilnímu účinku na Taq polymerázu, (3) zvýšené chemické definovanosti Master Mixu.

Tento Master Mix není kontaminován bakteriální a kvasinkovou DNA a je proto zvláště vhodný pro genotypizaci bakterií a kvasinek.

RNA Blue je reagens progresivní metody izolace RNA. Základy metody byly popsány v práci Chomczynski, P. a N. Sacchi, Anal. Biochem., 162: 156-159, 1987.

Master Mix je určen pro kvantitativní analýzu vzorků pomocí metody qPCR s využitím fluorescenčního barviva SYBR Green I. Tento Master Mix není kontaminován bakteriální a kvasinkovou DNA a je proto zvláště vhodný pro kvantifikaci bakteriální a kvasinkovou DNA.

PPP Master Mix představuje ideální řešení pro rutinně prováděné PCR reakce. Obsahuje Taq DNA polymerázu a optimalizovaný reakční pufr, vše ve dvojnásobné koncentraci. Pro přípravu vzorku tedy stačí dodat primery, templátovou DNA a vodu a poté je možné ihned zahájit PCR reakci. Další obsažená aditiva a barvivo umožňují posléze okamžité nanesení vzorku na gel bez nutnosti přidávat vkládací pufr.

Aptamer Taq DNA polymeráza je obdobou Combi Taq DNA polymerázy (kat. č. C205-C207) od které se liší tím, že namísto monoklonální protilátky anti-Taq obsahuje DNA aptamer anti-Taq. Tento aptamer, stejně jako protilátka inhibuje enzymatickou aktivitu Taq DNA polymerázy.

Plain PP Master Mix představuje doplňkový produkt z řady PPP Master Mixů. Oproti klasickému PPP Master Mixu (kat. č. P124-P126) však neobsahuje barvivo. To je vhodné pro aplikace, kde by mohlo barvivo vadit; jako příklad lze uvést analýzu pomocí kapilární chromatografie.

Jedná se o reakční pufr pro PCR, jehož základem je síran amonný. Blue Buffer umožňuje optimální průběh PCR v širším rozmezí koncentrací hořčíku než klasický reakční pufr s KCl. Při použití  tohoto pufru bývá snížena tvorba nespecifických PCR produktů.

Amplifikace DNA fragmentů pomocí PCR často vyžaduje optimalizaci reakčních podmínek, které vedou k odstranění nežádoucích nespecificit a ke zvýšení množství PCR produktu. Optimalizace zahrnuje koncentraci Mg2+, koncentraci polymerázy, teplotu nasedání oligonukleotidových primerů a další. V některých případech může být optimalizace dosažena rychle přidáním aditiv (např. DMSO, formamid). Zajímavé efekty poskytuje popsaný enhancer tetramethyl ammonium (TMA) oxalát (Kovářová, Dráber, Nucleic Acid Res., 28: e70, 2000), který je dodáván pod obchodním názvem PCR enhancer. Tento enhancer je ve kvalitě vhodné pro přímé přidání do reakční směsi pro PCR.

TP SYBR 2x Master Mix je určený pro univerzální analýzu vzorků pomocí metody qPCR s kvantifikací amplifikovaných DNA fragmentů pomocí fluorescenčního DNA barviva SYBR Green I. Vychází z nedávného nálezu, že přidání Trehalózy a 1,2-Propandiolu (zkráceně TP) do reakční směsi může podstatně zvýšit účinnost PCR a napomoci při amplifikaci obtížně analyzovatelných vzorků, včetně DNA z neseparované krve, se zvýšeným obsahem GC a vzorků, které obsahují inhibitory PCR (Horáková a spol., BMC Biotechnology, 11:41, 2011).

TP 2x Master Mix je určený pro univerzální analýzu vzorků pomocí metody PCR. Vychází z nedávného nálezu, podle kterého přidání Trehalózy a 1,2-Propandiolu (zkráceně TP) do reakční směsi může podstatně zvýšit účinnost PCR a napomoci při amplifikaci obtížně analyzovatelných vzorků, včetně DNA z neseparované krve, se zvýšeným obsahem GC a vzorků, které obsahují inhibitory PCR (Horáková a spol., BMC Biotechnology, 11:41, 2011; Free PMC article).

Tento produkt je modifikací produktu Taq DNA polymerázy Unis (kat. č. T037-T039). Rozdílem je nižší koncentrace polymerázy (1 U/µl), což umožňuje přesnější dávkování enzymu, a přídavek inertního barviva, které umožňuje vizuální kontrolu přítomnosti enzymu  v reakční směsi.

Jedná se o 200x koncentrované modré barvivo, které zvyšuje viditelnost reakčních směsí a přitom neovlivňuje účinnost PCR a neinterferuje s široce používanými fluorescenčními DNA barvivy (např. SYBR Green) a sondami využívanými pro qPCR.

Taq DNA polymeráza je termostabilní enzym pocházející z bakterie Thermus aquaticus. Tento enzym katalyzuje syntézu komplementárního řetězce DNA ve směru 5´→3´ a také vykazuje exonukleázovou aktivitu ve směru 5´→3´. Při amplifikaci DNA fragmentů Taq polymeráza často přidává na 3´ konec přesahující adenosin, který lze využít pro tzv. TA klonaci PCR produktů. Tato polymeráza však nemá exonukleázovou aktivitu ve směru 3´→5´ a v důsledku toho není schopna opravovat chyby vzniklé při amplifikaci.

Vkládací „loading“ pufry jsou roztoky o vysoké hustotě, které usnadňují vkládaní vzorků do jamek v gelu. PCR vkládací pufr Edge obsahuje bromofenolovou modř a umožňuje snadnou detekci a densitometrickou kvantifikaci DNA fragmentů v oblasti kolem 5 kb. Na 10 µl PCR produktu se přidávají 2-3 µl vkládacího pufru Edge.

Odhad velikostí DNA fragmentů generovaných v PCR (PCR fragmentů) nebo štěpením DNA pomocí restrikčních enzymů (restrikčních fragmentů) je obvykle založen na srovnání elektroforetické pohyblivosti těchto fragmentů s fragmenty DNA o známé velikosti (DNA markerů). PCR fragmenty jsou obvykle v rozmezí 200-900 párů bazí. Tuto oblast pokrývají fragmenty DNA, které jsou součástí DNA markeru 155-970 coloured. Tyto fragmenty vznikly působením restrikčního enzymu na referenční  plasmid. Tento marker navíc obsahuje inertní barvivo (Purple). Zvýšená hustota tohoto markeru umožňuje jeho vkládání přímo do jamek gelu (bez nutnosti jeho smíchání s vkládacím pufrem). Tento marker je zvláště vhodný v kombinaci s PCR produkty generovaných pomocí Taq-Purple DNA polymerázy (kat. č. T107-T109).

Odhad velikostí fragmentů DNA generovaných v PCR (PCR fragmentů) nebo štěpením DNA pomocí restrikčních enzymů (restrikčních fragmentů) je obvykle založen na srovnání elektroforetické pohyblivosti těchto fragmentů s fragmenty DNA o známé velikosti (DNA markerů). Velikost PCR fragmentů je často v rozmezí 200-1500 párů bazí. Tuto oblast pokrývají fragmenty DNA, které jsou součástí DNA markeru 200-1500 coloured (viz. obr). Tyto fragmenty vznikly amplifikací plasmidové DNA o různé délce. Fragmenty jsou v roztoku, který obsahuje barvivo a hustotní aditiva a mohou být přímo nanášeny do agarózového gelu.